继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：许玮伦 佐莎·马梅特 迈克尔·安格拉诺 汤米·马丁内兹 瑞恩·平克斯顿 克洛伊·菲内曼 菲尼亚斯·奥康奈尔 阿姆罗·马祖布 刘思慕 乌利·拉图基孚 苏珊·伯杰 丹尼·麦克 大卫·丹曼 奥利维亚·霍尔特 约翰·厄尔利 安德·海兰德 莱斯莉·米尔扎 伊托尔·伊文 梅兰妮·陈 克里斯·伍德
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演员：大卫·田纳特 麦克·辛 乔恩·哈姆 杜恩·麦基琴 格洛里亚·奥比安约 米兰达·理查森 玛吉·瑟维斯 尼娜·索珊娅 利兹·凯尔 奎琳·塞普尔维达 谢莉·康恩 德里克·雅各比 妮芙·沃尔什 简·菲利普斯 马克·加蒂斯 里斯·谢尔史密斯 史蒂夫·佩姆伯顿 安迪·奥修 蒂姆·唐尼 亚力克斯·诺顿 皮特·菲尔曼 泰·田纳特 彼得·戴维森 彼得·戴维森 Peter Davison
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